编辑“蛋白质”

'''蛋白质'''是一种由[[氨基酸]]分子组成的[[有机化合物]]，旧称“'''朊'''”<ref>{{cite web|title=在线新华字典查询──朊|url=http://www.chinabaike.com/dir/zidian/R/540852.html|accessdate=2008-12-03}}</ref>。[[氨基酸]]分子呈线性排列，相邻氨基酸[[残基]]的[[羧基]]和[[氨基]]通过[[肽键]]连接在一起。蛋白质的氨基酸序列是由对应[[基因]]所编码。除了[[遗传密码]]所编码的20种“标准”氨基酸，在蛋白质中，某些氨基酸残基还可以被[[翻译后修饰]]而发生化学结构的变化，从而对蛋白质进行激活或调控。多个蛋白质可以一起，往往是通过结合在一起形成稳定的[[蛋白质复合物]]，发挥某一特定功能。

与其他[[生物大分子]]（如[[多糖]]和[[核酸]]）一样，蛋白质是地球上生物体中的必要组成成分，参与了[[细胞]]生命活动的每一个进程。[[酶]]是最常见的一类蛋白质，它们[[催化]]生物化学反应，尤其对于生物体的[[代谢]]至关重要。除了酶之外，还有许多结构性或机械性蛋白质，如[[肌肉]]中的[[肌动蛋白]]和[[肌球蛋白]]，以及[[细胞骨架]]中的[[微管蛋白]]（参与形成细胞内的支撑网络以维持细胞外形）。另外一些蛋白质则参与[[信号传导|细胞信号传导]]、[[免疫反应]]、[[细胞黏附]]和[[细胞周期|细胞周期调控]]等。同时，蛋白质也是动物饮食中必需的营养物质，这是因为动物自身无法合成所有[[氨基酸]]，动物需要和必须从食物中获取[[必需氨基酸]]。通过[[消化]]过程将蛋白质降解为自由氨基酸，动物就可以将它们用于自身的[[代谢]]。

== 一句话名解 ==
*生物化学

*营养与食品卫生学
[[必需氨基酸]]'''（EAA，Essential Amino Acid）'''：指人体内不能合成或合成速度不能满足机体需要，必须从食物中直接获得的氨基酸。

[[条件必需氨基酸]]或[[半必需氨基酸]]：[[半胱氨酸]]''Cys''和[[酪氨酸]]''Tyr''在体内分别由[[蛋氨酸]]和[[苯丙氨酸]]转变而成，如果膳食中能直接提供这两种氨基酸，则人体对蛋氨酸和苯丙氨酸的需要可分别减少30%和50%，故半胱氨酸和酪氨酸称为条件必需氨基酸或半必需氨基酸。

[[氨基酸模式]]'''（amino acid pattern）'''：是指某种蛋白质中各种必需氨基酸的构成比例。

[[限制氨基酸]]（limiting amino acid）：食物蛋白质中一种或几种必需氨基酸相对含量较低，导致其它的必需氨基酸在体内不能被充分利用而浪费，造成其蛋白质营养价值降低，这些含量相对较低的必需氨基酸称限制氨基酸。其中含量最低的称第一限制氨基酸，余者以此类推。

[[蛋白质互补作用]] (complementary action of protein)：为了提高植物性蛋白质的营养价值，往往将两种或两种以上的食物混合食用，以相互补充其必需氨基酸不足的作用叫蛋白质互补作用。

[[氮平衡]](nitrogen balance)：是反应机体摄入氮和排出氮的关系。B=I-（U+F+S）B氮平衡；I摄入氮；U尿蛋；F粪蛋；S皮肤等氮损失。

== 生物化学 ==

=== 生物化学性质 ===
{{main|生物化学|氨基酸|肽键}}
[[File:Peptide group resonance.png|thumb|210px|right|[[肽键]]的[[共振 (化学)|共振]]结构。[[氨基酸]]通过肽键连接在一起形成蛋白质[[聚合物]]。]]
[[File:Peptide-Figure-Revised.png|thumb|210px|right|蛋白质结构中氨基酸和[[丙氨酸]]通過肽鍵（用方塊標出）連接在一起。]]

蛋白质是由不同的L型α[[氨基酸]]所形成的线性聚合物。目前在绝大多数已鉴定的天然蛋白质中发现的氨基酸有20种（参见[[標準蛋白氨基酸列表]]）。不过在自然界中还存在着一些特殊的氨基酸，例如在一种海洋[[寡毛纲]]小[[蠕虫]]''Olavius algarvensis''以及与之存在[[共生]]关系的细菌δ1（该细菌属于δ[[變形菌]]）中存在着高含量的[[硒代半胱氨酸]]，由原本为[[密码子|终止密码子]]的UGA编码，和[[吡咯赖胺酸]]，由终止密码子UAG编码<ref name="Sec and Pyl">{{en}}{{cite journal en|  title=High content of proteins containing 21st and 22nd amino acids, selenocysteine and pyrrolysine, in a symbiotic deltaproteobacterium of gutless worm Olavius algarvensis | url=http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1976440 | author=Yan Zhang and Vadim N. Gladyshev | journal=Nucleic Acids Res.|accessdate= 04.03|year=2008|volume=35|issue=15|pages=4952–4963|pmid=17626042}}</ref>。

所有氨基酸都有共同的结构特征，包括与[[氨基]]连接的α碳原子，一个羧基和连接在α碳原子上的不同的[[侧链]]。但[[脯氨酸]]有着与这种基本结构不同之处：它含有一个侧链与氨基连接在一起所形成的特殊的环状结构，使得其氨基在肽键中的构象相对固定。<ref name=''Nelson''>{{en}}Nelson, D. L. and Cox, M. M. (2005) Lehninger's Principles of Biochemistry, 4th Edition, W. H. Freeman and Company, New York.</ref> 标准氨基酸的侧链是构成[[蛋白质结构]]的重要元素，它们具有不同的化学性质，因此对于蛋白质的功能至关重要。多肽链中的氨基酸之间是通过[[脱水反应]]所形成的[[肽键]]来互相连接；一旦形成肽键成为蛋白质的一部分，氨基酸就被称为“残基”，而连接在链的碳、氮、氧原子被称为“主链”或“蛋白质骨架”。由于肽键有两种[[共振 (化学)|共振]]态，具有一定的[[双键]]特性，使得相邻α碳之间形成[[肽平面]]；而肽键两侧的二面角确定了蛋白质骨架的局部形态。

由于氨基酸的非对称性（两端分别具有氨基和羧基），蛋白质链具有方向性。蛋白质链的起始端有自由的氨基，被称为N端或氨基端；尾端则有自由的羧基，被称为C端或羧基端。

“蛋白质”、“多肽”和“肽”这些名词的含义在一定程度上有重叠，经常容易混淆。“蛋白质”通常指具有完整生物学功能并有稳定[[三级结构|结构]]的分子；而“肽”则通常指一段较短的氨基酸寡聚体，常常没有稳定的三维结构。然而，“蛋白质”和“肽”之间的界限很模糊，通常以20-30个残基为界。<ref name="Lodish">{{en}}Lodish H, Berk A, Matsudaira P, Kaiser CA, Krieger M, Scott MP, Zipurksy SL, Darnell J. (2004). ''Molecular Cell Biology'' 5th ed. WH Freeman and Company: New York, NY.</ref>“多肽”可以指任何长度的氨基酸线性单链分子，但常常表示缺少稳定的[[三级结构]]。

=== 蛋白质生物合成 ===
{{main article|蛋白质生物合成}}
[[File:Ribosome mRNA translation en.svg|thumb|核糖體產生一種蛋白質，使用信使RNA模板。]]
{{FileTA|Genetic_code|png|thumb|[[遗传密码|编码]]一个蛋白质[[氨基酸]]序列的基因的[[DNA]]序列}}
每一种蛋白质都有自己独特的氨基酸序列，而氨基酸序列的组成信息则由编码对应蛋白质的[[基因]]的[[核苷酸]]序列所决定。遗传密码是一套由三个核苷酸组成的[[密码子]]，每一种三个核苷酸的组合可以编码一种特定氨基酸，如mRNA上的AUG（在DNA中为ATG）编码[[甲硫氨酸]]。由于[[DNA]]含有四种核苷酸（[[腺嘌呤|A]]、[[胸腺嘧啶|T]]、[[胞嘧啶|C]]、[[鳥嘌呤|G]]），所以对应的可能的密码子有4×4×4=64种；而标准氨基酸只有20种，因此有部分密码子是冗余的，即部分氨基酸可以由多个不同的密码子所编码。DNA中的基因首先在[[RNA聚合酶]]等蛋白质的作用下被转录为前[[mRNA]]。在大多数生物体中，前mRNA（或初始转录产物）要经过[[转录后修饰]]以形成成熟的mRNA，随后mRNA就可以经由[[核糖体]]被用作蛋白质合成的模板。在[[原核生物]]中，mRNA可能可以在生成后被直接用于蛋白质合成，或者在离开[[類核]]后就结合核糖体。而在[[真核生物]]中，mRNA在[[细胞核]]中被合成，然后通过[[核膜]]被转运到[[细胞质]]中；在细胞质中，mRNA才可以被用于蛋白质合成。原核生物的蛋白质合成速率可以达到每秒20个氨基酸，要高于真核生物。<ref name="Dobson">{{en}}Dobson CM. (2000). The nature and significance of protein folding. In ''Mechanisms of Protein Folding'' 2nd ed. Ed. RH Pain. ''Frontiers in Molecular Biology'' series. Oxford University Press: New York, NY.</ref>

从一个mRNA模板合成一个蛋白质的过程被称为[[翻译 (遗传学)|翻译]]。在翻译过程中，mRNA被一些蛋白质携带到核糖体上；然后核糖体在mRNA上从5'端到3'端寻找[[密码子|起始密码子]]（大多数情况下为AUG）；找到起始密码子后，即核糖体上起始[[tRNA]]的[[反密码子]]与起始密码子[[碱基对|配对]]后，翻译就可以开始进行；在起始密码子后，核糖体每一次阅读三个核苷酸（或一个密码子），同样是通过携带对应氨基酸的tRNA上反密码子与密码子配对。其中，[[氨酰tRNA合成酶]]可以将tRNA分子与正确的氨基酸连接到一起。不断延长的多肽链通常被称为“新生链”。生物体中的蛋白质合成总是从N-端到C-端。

合成的蛋白质的大小可以通过其含有的氨基酸数目或者其[[分子量]]（以[[道尔顿]]或千道尔顿，即[[kDa]]为单位）来衡量。[[酵母]]蛋白的平均长度为466个氨基酸或平均分子量为53kDa。<ref name="Lodish" />目前已知的最大蛋白质是[[肌联蛋白]]，它是[[肌肉]]中[[肌节]]的组分之一，其分子量为近3,000 kDa，含有近27,000个氨基酸。<ref>{{en}}{{cite journal en|author=Fulton A, Isaacs W |title=Titin, a huge, elastic sarcomeric protein with a probable role in morphogenesis |journal=Bioessays |volume=13 |issue=4 |pages=157-61 |year=1991 |pmid=1859393}}</ref>

=== 蛋白质的化学合成 ===
除了生物合成外，一些小的蛋白质可以通过多种化学途径来合成，这些合成方法又被称为[[肽合成]]，其依赖于[[有机合成]]技术，如[[化学连接]]来高通量生产肽。<ref>{{en}}{{cite journal en|author=Bruckdorfer T, Marder O, Albericio F |title=From production of peptides in milligram amounts for research to multi-tons quantities for drugs of the future |journal=Curr Pharm Biotechnol |volume=5 |issue=1 |pages=29-43 |year=2004 |pmid=14965208}}</ref>化学合成允许在合成的肽链中引入非天然氨基酸，如加入[[荧光]]标记的氨基酸。<ref>{{en}}{{cite journal en|author=Schwarzer D, Cole P |title=Protein semisynthesis and expressed protein ligation: chasing a protein's tail |journal=Curr Opin Chem Biol |volume=9 |issue=6 |pages=561-9 |year=2005 |pmid=16226484}}</ref>这些合成方法所合成的产物被大量应用于[[生物化学]]和[[细胞生物学]]实验。但是，化学合成无法有效合成残基数多于300的蛋白质，而且合成的蛋白质可能不具有天然的[[三级结构]]。大多数化学合成方法都是从C-端到N-端进行合成，刚好和生物合成反应的方向相反。

=== 蛋白质的降解 ===
{{main|蛋白质降解}}
{{see also|蛋白酶体}}
对于细胞来说，蛋白质降解有多种用途，包括去除分泌蛋白的N末端信号肽，对前体蛋白进行剪切以产生“成熟”蛋白等。细胞不需要的或受到损伤的非跨膜蛋白质一般由[[蛋白酶体]]来进行降解，而真核生物的[[膜蛋白|跨膜蛋白]]则通过[[内体]]运送到[[溶酶体]]（动物细胞）或[[液泡]]（[[酵母]]）中进行降解。<ref>{{en}}{{cite journal en|author=Nickerson DP, Russell MR, Odorizzi G|title=A concentric circle model of multivesicular body cargo sorting|journal=EMBO Rep|year=2007|volume=8|pages=644-50|pmid=17603537}}</ref>降解所生成的氨基酸分子可以被用于合成新的蛋白质。一些蛋白质可以发生自降解。此外，细胞中存在的大量[[蛋白酶]]（特别是溶酶体中），可以对外来的蛋白质进行降解，这也是一种细胞自我保护的机制。

生物学实验中，也经常对蛋白质进行降解分析；例如在[[蛋白质组学]]中，利用蛋白酶对特定蛋白质进行降解，并对降解产物进行[[质谱]]分析而获得对应蛋白质的序列信息和[[翻译后修饰|修饰]]情况；此外，[[生物化学]]实验中，[[埃德曼降解法]]常被用于对蛋白质进行氨基酸序列分析。

=== 蛋白质的结构 ===
{{main|蛋白质结构}}

[[File:Chaperonin 1AON.png|thumb|300px|right|分子伴侣的晶体结构。分子伴侣帮助蛋白质折叠。]]
[[File:Proteinviews-1tim.png|thumb|300px|三种显示蛋白质三维结构的方式。图中蛋白质为[[磷酸丙糖异构酶]]。左：显示全部原子，并以原子类型标色（碳原子为蓝绿色，氧原子为红色，氮原子为蓝色）；中：只显示主链构象，以[[二级结构]]类型标色（α螺旋为紫色，β折叠为黄色）；右：显示“溶剂可及表面”，以残基类型标色（酸性氨基酸为红色，碱性氨基酸为蓝色，极性氨基酸为绿色，非极性氨基酸为白色）。]]
大多数的蛋白质都自然[[蛋白质折叠|折叠]]为一个特定的三维结构，这一特定结构被称为{{le|天然状态|Native state}}。虽然多数蛋白可以通过本身氨基酸序列的性质进行自我折叠，但还是有许多蛋白质需要[[分子伴侣]]的帮助来进行正确的折叠。在高温或极端pH等条件下，蛋白质会失去其天然结构和活性，这一现象就称为[[变性 (生物化学)|变性]]。生物化学家常常用以下四个方面来表示蛋白质的结构：
* '''[[一级结构]]'''：组成蛋白质多肽链的线性氨基酸序列。一个蛋白质是一个[[聚酰胺]]。
* '''[[二级结构]]'''：依靠不同氨基酸之间的C=O和N-H基团间的[[氢键]]形成的稳定结构，主要为[[α螺旋]]和[[β折叠]]。<ref name="Branden">{{en}}Branden C, Tooze J. (1999). ''Introduction to Protein Structure'' 2nd ed. Garland Publishing: New York, NY</ref>因为二级结构是局部的，不同的二级结构的许多区域可存在于相同的蛋白质分子。
* '''[[三级结构]]'''：通过多个二级结构元素在三维空间的排列所形成的一个蛋白质分子的三维结构，是单个蛋白质分子的整体形状。蛋白质的三级结构大都有一个[[疏水核心]]来稳定结构，同时具有稳定作用的还有{{le|盐桥(蛋白质)|Salt bridge (protein)}}、氢键和[[二硫键]]，甚至[[翻译后修饰]]。“三级结构”常常可以用“折叠”一词来表示。三级结构控制蛋白质的基本功能。
* '''[[四级结构]]'''：由几个蛋白质分子（多肽链），通常称为[[蛋白质亚基]]所形成的结构，在功能上作为一个[[蛋白质复合体]]。

[[File:Protein Dynamics Cytochrome C 2NEW smaller.gif|frame|left|[[细胞色素c]]的NMR溶液结构，显示了蛋白质的动态结构。]]
蛋白质并不完全是刚性分子。许多蛋白质在执行生物学功能时可以在多个相关结构中相互转换。在进行功能型结构重排时，这些相关的三级或四级结构通常被定义为不同“[[化学构象|构象]]”，而这些结构之间的转换就被称为“构象变换”。例如，酶的构象变换常常是由[[底物]]结合到[[活性位点]]所导致。在溶液中，所有的蛋白质都会发生结构上的动态变化，主要表现为热振动和与其他分子之间碰撞所导致的运动。

[[File:Protein Composite.jpg|300px|thumb|不同大小的蛋白质的分子表面。从左到右依次为：[[抗体]]（IgG）、[[血红蛋白]]、[[胰岛素]]、[[腺苷酸激酶]]和[[谷胺酰氨合成酶]]。]]
蛋白质可以由三级结构的不同大致分为三个主要类别：[[球蛋白]]、[[纤维蛋白]]和[[膜蛋白]]。几乎所有的球蛋白都是水溶性的，许多球蛋白是酶。纤维蛋白多为结构性的，例如，结缔组织的主要成分[[胶原蛋白]]，或头发和指甲的蛋白质成分[[角蛋白]]。膜蛋白常常作为[[受体]]，或提供通道极性的或带电的分子通过[[细胞膜]]。

要了解特定蛋白质的功能，获得其三级结构或四级结构可以提供重要的结构信息。目前用于蛋白质的原子分辨率结构测定的方法主要是[[X射线晶体学]]和NMR光谱学。[[冷冻电子显微学]]也可以提供超大蛋白质复合物（如[[病毒]]、[[核糖体]]等）的低分辨率结构信息。<ref name="Branden" />而[[电子晶体学]]在一些情况下也可以提供较高分辨率的结构信息，特别是对于膜蛋白的二维晶体。<ref>{{en}}Gonen T, Cheng Y, Sliz P, Hiroaki Y, Fujiyoshi Y, Harrison SC, Walz T. (2005). Lipid-protein interactions in double-layered two-dimensional AQP0 crystals. ''Nature'' 438(7068):633-8.</ref>解析的结构（包括原子坐标和结构解析的相关信息）通常存放到[[蛋白质数据库]]（PDB），供全世界研究者免费下载。[[蛋白质结构预测]]也可以为未知结构（实验结构）的蛋白质提供结构信息。

=== 蛋白质的功能 ===
蛋白质是细胞中的主要功能分子。<ref name="Lodish" />除了特定类别的[[RNA]]，大多数的其他生物分子都需要蛋白质来调控。蛋白质也是细胞中含量最为丰富的分子之一；例如，蛋白质占[[大肠杆菌]]细胞干重的一半，而其他大分子如[[DNA]]和RNA则只分别占3%和20%。<ref name="Voet">{{en}}Voet D, Voet JG. (2004). ''Biochemistry'' Vol 1 3rd ed. Wiley: Hoboken, NJ.</ref>在一个特定细胞或细胞类型中表达的所有蛋白被称为对应细胞的[[蛋白质组]]。

蛋白质能够在细胞中发挥多种多样的功能，涵盖了细胞生命活动的各个方面：发挥催化作用的[[酶]]；参与生物体内的新陈代谢的调剂作用，如[[胰岛素]]；一些蛋白质具有运输代谢物质的作用，如[[离子泵]]和[[血红蛋白]]；发挥储存作用，如植物种子中的大量蛋白质，就是用来萌发时的储备；许多结构蛋白被用于[[细胞骨架]]等的形成，如[[肌球蛋白]]；还有[[免疫]]、[[细胞分化]]、[[细胞凋亡]]等过程中都有大量蛋白质参与。

蛋白质功能发挥的关键在于能够特异性地并且以不同的亲和力与其他各类分子，包括蛋白质分子结合。蛋白质结合其他分子的区域被称为[[结合位点]]，而结合位点常常是从蛋白质分子表面下陷的一个“口袋”；而结合能力与蛋白质的三级结构密切相关，因为结构决定了结合位点的形状和化学性质（即结合位点周围的氨基酸残基的侧链的化学性质）。蛋白质结合的紧密性和特异性可以非常高；例如，[[核糖核酸酶抑制蛋白]]可以与人的{{le|血管促生蛋白|angiogenin}}以亚飞摩尔（sub-femtomolar，即<10<sup>-15</sup> M）量级的[[解离常数]]进行结合，<ref>{{en}}{{cite journal en|author=Lee FS, Shapiro R, Vallee BL|title=Tight-binding inhibition of angiogenin and ribonuclease A by placental ribonuclease inhibitor|journal=Biochemistry|volume=28|issue=1|year=1989|pages=225-230|pmid=2706246}}</ref>但却完全不结合（解离常数>1 M）angiogenin在[[两栖动物]]中的同源蛋白{{le|抗肿瘤核糖核酸酶|onconase}}。）非常微小的化学结构变化，如在结合位点的某一残基侧链上添加一个[[甲基]]基团，有时就可以几乎完全破坏结合；例如，氨酰tRNA合成酶可以分辨侧链结构非常类似的[[纈氨酸]]和[[异亮氨酸]]，而这两种氨基酸的差别就在于异亮氨酸的侧链多出一个甲基。相同的蛋白质分子结合在一起就可形成同源[[寡聚体]]或[[多聚体]]，有些多聚体可以形成[[纤维]]；而这些形成纤维的蛋白质往往是[[结构蛋白]]，它们在[[单体]]状态下是[[球蛋白]]，通过自结合来形成刚性的纤维。蛋白-蛋白相互作用可以调控酶的活性和[[细胞周期]]中的各种进程，并可以使大型的[[蛋白质复合物]]得以形成，这样可以将参与同一生物学功能的分子结合到一起，从而提高其工作效率；而结合所诱导的蛋白构象变化对于复杂的[[信号传导]]网络的构建也是必不可少的。还有一些蛋白质（如[[膜蛋白]]）可以结合或者插入到[[细胞膜]]中。

==== 催化作用 ====
{{main|酶}}
细胞中，酶是最被广泛了解和研究最多的蛋白质，它的特点是[[催化]]细胞中的各类[[化学反应]]。酶的催化反应具有高度的专一性和极高的催化效率。酶在大多数与[[代谢]]和[[异化作用]]以及DNA的[[DNA复制|复制]]、[[DNA修复|修复]]和[[RNA合成]]等相关的反应中发挥作用。在[[翻译后修饰]]作用中，一些酶（如[[激酶]]和[[磷酸酶]]）可以在其底物蛋白质上增加或去除特定化学基团（如磷酸基团）。目前已知的酶催化的反应有约4000种。<ref>{{en}}{{cite journal en|url=http://www.expasy.org/NAR/enz00.pdf|author= Bairoch A.|year= 2000|title= The ENZYME database in 2000 |journal=Nucleic Acids Res|volume=28|pages=304-305|id= PMID 10592255 }}</ref>酶可以极大地加速其所催化的反应；例如，与没有酶催化的情况相比，{{le|乳清酸核苷-5'-单磷酸脱羧酶|orotate decarboxylase}}的加速作用最高可达10<sup>17</sup>倍（形象地说，在没有酶的情况下完成反应需要七千八百万年，而存在酶的情况下反应只需18[[毫秒]]）。<ref>{{en}}{{cite journal en|author=Radzicka A, Wolfenden R.|year= 1995|title= A proficient enzyme. |journal= Science |volume=6|issue=267|pages=90-931|id= PMID 7809611}}</ref>

结合于酶上，并在酶的作用下发生反应的分子被称为[[底物]]。虽然酶分子通常含有数百个氨基酸残基，但参与与底物结合的残基只占其中的一小部分，而直接参与底物催化反应的残基则更少（平均为3-4个残基）。<ref>{{en}}[http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/CSA/ The Catalytic Site Atlas at The European Bioinformatics Institute]</ref>这部分参与底物结合和催化的区域被称为[[活性位点]]。有一些酶需要结合一些小分子（[[辅酶]]或[[辅因子]]）才能够有效发挥催化作用。酶的活性还可以被[[酶抑制剂]]所抑制，或被[[酶激活剂]]所提高。

==== 信号传导和配基运输 ====
[[File:Mouse-cholera-antibody-1f4x.png|thumb|150px|[[小鼠]]的抗[[霍乱]][[抗体]]与一个[[糖类|糖]]分子[[抗原]]结合的复合物结构图。]]
许多蛋白质都参与了细胞中和细胞间的[[信号转导]]。一些蛋白质，如[[胰岛素]]，作为细胞外蛋白质，可以将信号从一个细胞（合成这些蛋白质的细胞）传送到身体其他[[组织 (生物学)|组织]]中的细胞。还有一些蛋白质，如属于膜蛋白的[[受体]]，可以结合细胞外的信号分子来引发细胞内的生物化学反应；多数受体都有一个位于细胞外表面的结合域〔结合信号分子〕和一个位于细胞内的效应结构域（可能具有酶活性或可以发生构象变化以诱发与细胞内其他蛋白质的结合），两者之间通过跨膜域连接。

[[抗体]]是[[适应性免疫系统]]中重要的组成蛋白质，其作用为结合[[抗原]]或机体中的其他外来物质，通过识别来引发免疫系统消除这些物质。抗体可以被[[分泌]]到细胞外环境中或锚合到特异性[[B细胞]]（即[[浆细胞]]）的细胞膜中。抗体和抗原之间存在很高的亲和力，使得抗体可以很快地识别抗原。

在多细胞生物体中，[[配體 (生物化學)|配基]]运输蛋白能够结合特定的小分子并将它们运送到机体中的特定位置。这些蛋白质在运输的起点（配基往往具有较高的浓度）必须以高的亲和力结合它们的配基，而在目的组织中（配基浓度较低）则必须释放所结合的配基。这就需要运输蛋白和所结合的配基之间有特定的亲和力。一个典型的例子是[[血红蛋白]]，它作用是将[[氧气]]从[[肺]]中运输到其他组织和器官中。<ref>{{en}}{{cite journal en |author=Marden MC, Griffon N, Poyart C|title=Oxygen delivery and autoxidation of hemoglobin|journal=Transfus Clin Biol.|volume=2|issue=6|year=1995|pages=473-480|pmid=8646344}}</ref>

[[通道蛋白]]也是重要的物质运输蛋白，它们能够改变细胞膜的[[通透性]]，使得一些小分子和离子可以进出细胞。膜本身是疏水性的，[[极性]]或带电分子无法通过[[扩散|扩散作用]]穿过。作为[[跨膜蛋白]]的通道蛋白，含有可控制的内部通道，在一定条件下允许这些分子进出细胞。通道蛋白也有专一性，许多[[离子通道]]蛋白只选择性地对特定离子起作用；例如，钾离子和钠离子通道分别只识别[[钾离子]]或[[钠离子]]。<ref>{{en}}{{cite journal en |author=Shi N, Ye S, Alam A, Chen L, Jiang Y|title=Atomic structure of a Na+- and K+-conducting channel|journal=Nature|volume=440|issue=7083|year=2006|pages=570-574|pmid=16467789}}</ref>

==== 變性作用 ====
蛋白質受到酸、鹼、尿素、有機溶酶、重金屬、熱、紫外光及X-射線等物理或化學的破壞，引起蛋白質自然之分子結構的改變，並引起生理活性的消失。
變性作用破壞了蛋白質的二級、三級、四級結構，一般不會影響其初級結構。

===== 變性蛋白質的特性 =====
#溶解度降低。
#生物活性消失。
#不能結晶。
#易受蛋白脢的水解。
#滴定曲线改變，因可滴定的官能基增加。
#-SH等基團的反應活性增加。

==== 结构蛋白 ====
[[File:Actin_filament_atomic_model.png|thumb|聚合成链状的F型肌动蛋白]]
结构蛋白能够形成相对更为刚性的生物组分。多数结构蛋白为[[纤维蛋白]]；[[胶原蛋白]]和[[弹性蛋白]]是[[结缔组织]]（如[[软骨]]）中关键的组分，而[[角蛋白]]则存在于[[头发]]、[[指甲]]、[[羽毛]]、[[蹄]]和一些[[贝壳]]中。此外，[[肌动蛋白]]和[[微管蛋白]]作为单体是球状可溶蛋白，但一旦多聚化便形成长的刚性纤维用于组成细胞骨架，以保持细胞的大小和形态。

其他结构蛋白还包括[[马达蛋白]]，如[[肌球蛋白]]、[[运动蛋白]]和[[动力蛋白]]，它们能够产生动力。这些蛋白质对于细胞[[能动性]]（特别是[[精子]]的运动）、细胞内物质运输和[[细胞分裂]]都具有重要作用；<ref>{{en}}{{cite journal en |author=Hirokawa N, Noda Y, Okada Y|title=Kinesin and dynein superfamily proteins in organelle transport and cell division|journal=Curr Opin Cell Biol.|volume=10|issue=1|year=1998|pages=60-73|pmid=9484596}}</ref><ref>{{en}}{{cite journal en |author=Gibbons IR|title=The role of dynein in microtubule-based motility|journal=Cell Struct Funct.|volume=21|issue=5|year=1996|pages=331-342|pmid=9118238}}</ref>它们也为[[肌肉收缩]]提供动力。<ref>{{en}}{{cite journal en |author=Curtin NA, Woledge RC|title=Energy changes and muscular contraction|journal=Physiol Rev.|volume=58|issue=3|year=1978|pages=690-761|pmid=28541}}</ref>

== 生理学 ==

== 营养与食品卫生学 ==
蛋白质（protein）是机体细胞、组织和器官的重要组成结构，是功能因子和调控因子的重要组成成分，是一切生命的物质基础；而一切生命的表现形式，本质上都是蛋白质功能的体现，没有蛋白质就没有生命。一个70KG健康成年男性体内大约含有12KG蛋白质。人体内的蛋白质始终处于不断水解和不断合成的动态平衡之中，从而达到组织蛋白质更新和修复的目的。一般来说，成人体内每天约有3%的蛋白质被更新，肠道和骨髓内的蛋白质更新速度较快。

=== 构成蛋白质的氨基酸 ===

从营养学的角度来讲，我们更倾向于按照人体自身是否能够合成，将氨基酸分为必需氨基酸和非必需氨基酸。其中必需氨基酸包括：
*[[异亮氨酸]]（isoleucine，Ile）
*[[亮氨酸]](leucine，Leu）
*[[赖氨酸]]（lysine，Lys）
*[[蛋氨酸]]（methionine，Met）
*[[苯丙氨酸]]（phenylalanine，Phe）
*[[苏氨酸]]（threonine，Thr）
*[[色氨酸]]（tryptophan，Trp）
*[[缬氨酸]]（valine，Val）
*[[组氨酸]]（histidine，His）

必需氨基酸（EAA）是指人体内不能合成或合成速度不能满足机体需要，必须从食物中直接获得的氨基酸。构成人体蛋白质的氨基酸有20种，其中如上所示的九种为必需氨基酸。另外组氨酸是婴儿的必需氨基酸，联合国粮农组织（FAO）、世界卫生组织（WHO）在1985年首次列出了成人组氨酸的需要量为8~12mg/(kg*d)。但由于人体组氨酸在肌肉和血红蛋白中储存量较大，而人体对其需求量又相对较少，因此很难直接证实成人体内有无合成组氨酸的能力，故尚难确定组氨酸是否为成人体内的必需氨基酸。

必需氨基酸在人体内可以发挥下列功能：

①合成组织蛋白质；

②转变为酶、激素、抗体、肌酸等含氮物质；

③转变为碳水化合物和脂肪；

④氧化成二氧化碳、水和尿素，产生能量。

条件必需氨基酸（conditionally essential amino acid），半胱氨酸、酪氨酸在体内分别由蛋氨酸和苯丙氨酸转变而成，如果膳食中可以直接提供半胱氨酸和酪氨酸，则人体对蛋氨酸和苯丙氨酸的需要可以分别减少30%和50%。所以半胱氨酸和酪氨酸这类可以减少人体对某些必需氨基酸需要量的氨基酸，称为条件必需氨基酸，或半必需氨基酸。因此在计算食物必须氨基酸组成时，往往将蛋氨酸和半胱氨酸、苯丙氨酸和酪氨酸合并计算。

非必需氨基酸（nonessential amino acid）非必需氨基酸是指人体可以自身合成，不一定需要从食物中直接供给的氨基酸。

=== 氨基酸模式和限制氨基酸 ===

人体蛋白质以及各种食物蛋白质在必需氨基酸的种类和含量上存在着差异，在营养学上用氨基酸模式（amino acid pattern）来反映这种差异。所谓氨基酸模式，就是蛋白质中各种必需氨基酸的构成比例。其计算方法是将该种蛋白质中的色氨酸含量定为1（由于各种食物中Trp含量少，而且相对稳定），分别计算出其他必需氨基酸的相应比值，这一系列的比值就是该种蛋白质的氨基酸模式。

食物蛋白质氨基酸模式与人体蛋白质氨基酸模式越接近，必需氨基酸被机体利用的程度就越高，食物蛋白质的营养价值也相对较高。这类含必需氨基酸种类齐全，氨基酸模式与人体蛋白质氨基酸模式接近，营养价值较高，不仅可以维持成人的健康，也可促进儿童生长、发育的蛋白质被称为[[优质蛋白质]]（或称[[完全蛋白质]]），如蛋、奶、肉、鱼等动物性蛋白以及大豆蛋白等。其中鸡蛋蛋白质与人体蛋白质氨基酸模式最接近，在实验中常以它作为[[参考蛋白]]（reference protein）。参考蛋白是指可以用来测定其他蛋白质质量的标准蛋白。

有些食物蛋白质中虽然含有种类齐全的必须氨基酸，但是氨基酸模式与人体蛋白质氨基酸模式差异较大，其中一种或几种必需氨基酸相对含量较低，导致其他的必需氨基酸在体内不能被充分利用而浪费，造成蛋白质营养价值降低，虽然可以维持生命，但是不能促进生长发育，这类蛋白质被称为半完全蛋白。大多数植物蛋白都是半完全蛋白。而这些含量相对较低的必需氨基酸称为[[限制氨基酸]]（limiting amino acid），其中按量最低的称为第一限制氨基酸，余者以此类推。植物性蛋白往往缺少下列必需氨基酸：赖氨酸（Lys）、蛋氨酸（Met）、苏氨酸（Thr）和色氨酸（Trp），所以其营养价值相对较低。如大米和面粉蛋白质中赖氨酸含量相对较少。为了提高植物性蛋白质的营养价值，往往将两种或两种以上的食物混合食用，从而达到以多补少、提高膳食蛋白质营养价值的目的。这种不同食物间相互补充其必需氨基酸不足的作用被称为[[蛋白质互补作用]]（complementary action），如小麦、小米、大豆和牛肉单独使用时其蛋白质的生物价值，分别为67、57、64和76，若将它们按39%、13%、22%和26%的比例搭配食用，则蛋白质的利用率可高达89%。这是因为肉类和大豆蛋白可以弥补米面蛋白质中赖氨酸的不足。

含必需氨基酸种类不全、既不能维持生命又不能促进生长发育的食物蛋白质称为[[不完全蛋白]]，如玉米胶蛋白、动物结缔组织中的胶原蛋白等。

=== 蛋白质的消化吸收和代谢 ===

蛋白质消化的主要场所在小肠。由胰腺分泌的胰蛋白酶和糜蛋白酶使蛋白质在小肠中被分解为氨基酸和部分2肽和3肽，再被小肠粘膜细胞吸收、代谢。机体每天由于皮肤、毛发和粘膜的脱落，妇女月经期的失血等，以及肠道菌体死亡排出，损失约20g蛋白质，这种氮排出是机体不可避免的氮消耗，称为必要的氮损失。理论上只要从膳食中获得相当于必要的氮损失的量，即可满足人体对蛋白质的需要，维持机体的氮平衡。当摄入氮和排出氮相等时，为零氮平衡。如摄入氮多于排出氮，则为正氮平衡。而摄入氮少于排出氮时，为负氮平衡。

营养学上将摄入蛋白质的量和排出蛋白质的量之间的关系称为氮平衡（nitrogen balance）。氮平衡关系式如下：

###'''*B=I-(U+F+S)'''''*B：氮平衡；I：摄入量；U：尿素；F：粪氮；S：皮肤等氮损失''

当摄入氮和排出氮相等时为零氮平衡（zero nitrogen balance），即B=0，健康的成人应该维持在零氮平衡并富裕5%。如摄入氮多于排出氮则为正氮平衡（positive nitrogen balance），即B>0，儿童处于生长发育阶段、孕妇怀孕时、疾病恢复时以及运动和劳动需要增加肌肉时等均应保证适当的正氮平衡，以满足机体对蛋白质额外的需要。而摄入氮少于排出氮时为负氮平衡（negative nitrogen balance），即B<0，人在饥饿、疾病及老年时往往处于这种状况，应注意尽可能减轻或改变负氮平衡，以保持健康、促进疾病康复和延缓衰老。

=== 蛋白质的营养学评价 ===

评价食物蛋白质的营养价值，对于食品品质的的鉴定、新资源食品的研究与开发、指导人群膳食等许多方面都是十分必要的。各种食物的蛋白质含量、氨基酸模式等都不一样，人体对不同蛋白质的消化、吸收和利用程度也存在差异，所以营养学上，主要是从食物的蛋白质含量，消化吸收程度和被人体利用程度三方面来全面地评价食品蛋白质的营养价值。

*蛋白质的含量：虽然蛋白质的含量不等于质量，但是没有一定数量，再好的蛋白质其营养价值也有限。所以蛋白质含量是食物蛋白质营养价值的基础。食物中蛋白质含量测定一般使用微量凯氏定氮法，测定食物中的氮含量，再乘以由氮换算成蛋白质的换算系数，就可得到食物蛋白质的含量。

*蛋白质的消化率：蛋白质消化率不仅反映了蛋白质在消化道内被分解的程度，同时还反映消化后的氨基酸和肽被吸收的程度。

'''蛋白质真消化率（%）=[食物氮-（粪氮-粪代谢氮）]/食物氮*100%'''

在实际应用中，往往不考虑粪代谢氮，这种消化率叫做表观消化率。
'''蛋白质表观消化率（%）=（食物氮-粪氮）/食物氮*100%'''

*蛋白质的利用率

1.[[生物价]]：蛋白质生物价是反映食物蛋白质消化吸收后，被机体利用程度的指标，生物价的值越高，表明其被机体利用程度越高。

计算公式：
'''#生物价=储留氮/吸收氮*100%'''
'''##储留氮=吸收氮-（尿氮-尿内源性氮）'''
'''##吸收氮=食物氮-（粪氮-粪代谢氮）'''

2.[[蛋白质净利用率]]：蛋白质净利用率是反映食物中蛋白质被利用的程度，因此，它把食物蛋白质的消化和利用两个方面都包括了，因此更为全面。

计算公式如下：'''蛋白质净利用率（%）=消化率*生物价'''

3.[[蛋白质功效比值]]：蛋白质功效比值是用处于生长阶段中的幼年动物在实验期内，其体重增加和摄入蛋白质的量的比值来反映蛋白质的营养价值的指标。

'''蛋白质功效比值=动物体重增加（g）/摄入蛋白质（g）'''

4.氨基酸评分：也被称作蛋白质化学评分，该方法是用被测食物蛋白质的必需氨基酸评分模式和推荐的理想的模式或参考蛋白质的模式进行比较，因此是反映蛋白质构成和利用率的关系。

氨基酸评分AAS=被测蛋白质每克氮（或蛋白质）中氨基酸（mg）/理想模式或参考蛋白质中每克氮（或蛋白质）中氨基酸量（mg）

除上述方法和指标外，还有如相对蛋白质值；净蛋白质比值；氮平衡指数等。

=== 蛋白质营养不良及营养状况评价 ===
蛋白质营养不良及营养状况评价：蛋白质缺乏在成人和儿童中都有发生，但处于生长阶段的儿童更为敏感。蛋白质缺乏常有热能不足，故称蛋白质-热能营养不良。临床表现有水肿型和消瘦型两种。反映体内蛋白质营养水平的常用指标主要为血清白蛋白和血清运铁蛋白等。
==== 蛋白质营养不良 ====

==== 蛋白质摄入过多 ====

==== 蛋白质营养状况评价 ====

=== DRIs ===
*蛋白质参考摄入量及食物来源

蛋白质广泛存在于动植物性食物中。动物性蛋白质质量好，植物性蛋白质利用率较低。因此，注意蛋白质互补，适当进行搭配是非常重要的。我国由于以植物性食物为主，所以推荐的RNI值在1.0~1.2g/kg体重，按热能计算，蛋白质摄入占膳食总热能的10%~14%。

== 研究方法 ==
{{main|蛋白质方法}}
蛋白质是被研究得最多的一类生物分子，对它们的研究包括“[[in vivo|体内]]”、“[[in vitro|体外]]”、和“[[In silico|在硅之中]]”。体外研究多应用于纯化后的蛋白质，将它们置于可控制的环境中，以期获得它们的功能信息；例如，[[酶动力学]]相关的研究可以揭示酶催化反应的[[反应机制|化学机制]]和与不同底物分子之间的相对亲和力。相反的，'''体内'''研究实验着重于蛋白质在细胞或者整个[[生物]]中的活性作用，从而可以了解蛋白质发挥功能的场所和相应的调节机制。'''在硅之中'''研究使用的计算方法来研究蛋白质。

=== 蛋白质纯化 ===
{{main|蛋白质纯化}}
为了进行離體(in vitro)研究，必须先将目的蛋白质从其他细胞组分中分离提纯出来。这一过程通常从[[细胞裂解]]开始（对于分泌性蛋白质的提纯则不需要裂解细胞），通过破坏细胞膜将细胞内含物释放到溶液中，从而获得含有目的蛋白质的细胞裂解液。然后通过[[超速离心]]将细胞裂解液中膜[[脂类|脂]]和膜蛋白、[[细胞器]]、核酸以及含有可溶蛋白质的混合物。[[盐析]]法是一种较为常用的通过[[沉淀]]从裂解液中分离浓缩蛋白质的方法。基于目的蛋白质的化学性质（如分子量、带电情况和结合活性），可以利用不同的[[色谱法]]来进一步分离提纯蛋白质。纯化的程度可以用[[电泳]]（已知目的蛋白质的分子量）、[[光谱学]]（目的蛋白质具有独特的光谱学特征）或者酶活分析反应（目的蛋白质具有特定的酶活性）来衡量。

对于天然蛋白质，可能需要一系列的纯化步骤才能获得纯度足以用于实验室应用的蛋白质。为了简化这一过程，通常采用[[基因工程]]的手段在目的蛋白质上添加一些化学特性，在不改变其结构和生物学活性的情况下使纯化过程更为简单。通常是将含有特定氨基酸序列的“标签”连接在目的蛋白质的N-端或C-端。例如，含有连续多个组氨酸的序列，称为{{le|组氨酸标签|His-tag}}；将含有带组氨酸标签蛋白质的裂解液流过含有[[镍]]的亲和层析柱，组氨酸就可以与镍[[螯合]]从而结合在柱子上，而裂解液中其他蛋白质由于没有组氨酸标签而直接流出柱子，从而达到分离目的。<ref>{{en}}{{cite journal en|author=Hochuli E, Döbeli H, Schacher A|title=New metal chelate adsorbent selective for proteins and peptides containing neighbouring histidine residues|journal= J Chromatogr.|volume=411|pages=177-184|year=1987|pmid=3443622}}</ref>通过基因工程（即[[DNA重组]]）改造而获得的蛋白质被称为[[重组蛋白质]]。

=== 细胞内定位 ===
{{see also|蛋白质定位}}
[[File:Localisations02eng.jpg|thumb|300px|right|带有[[绿色荧光蛋白]]标签的蛋白质在不同的[[细胞区室]]和细胞结构中的分布图。荧光以白色来显示。左边从上到下依次为，[[细胞核]]、[[内质网]]、[[质膜]]和[[线粒体]]；中间从上到下依次为，[[核小体]]、[[高尔基体]]、[[细胞质]]和[[微管]]；右边从上到下依次为，[[核膜]]、[[溶酶体]]、[[中心体]]和[[微丝]]。]]
''in vivo''的蛋白质研究常常专注于蛋白质在细胞中的合成和定位。虽然已经知道许多细胞内蛋白质是在细胞质中合成，而膜结合蛋白质或分泌性蛋白质是在内质网中合成，但蛋白质定位到特定细胞器或细胞结构的特异性是如何达到的，目前还不清楚。一些有助于获得特定蛋白质在细胞中定位的方法得到了发展，特别是用基因工程将目的蛋白质上连接上“报告者”（如[[绿色荧光蛋白]]），将这样的[[融合蛋白]]在细胞中表达后，就可以通过[[显微镜]]观察荧光来了解融合蛋白在细胞中的分布。<ref>{{en}}{{cite journal en|author=Yuste R |title=Fluorescence microscopy today |journal=Nat Methods |volume=2 |issue=12 |pages=902-4 |year=2005 |id=PMID 16299474}}</ref>

另一种常用的同样是基因工程的方法为[[定点突变]]。利用这一方法，研究者可以改变蛋白质序列，从而改变其结构、细胞内定位以及调控机制；而这些改变可以在''in vivo''的情况下通过连接绿色荧光蛋白，或者在''in vitro''的情况下通过酶动力学的方法以及结合实验进行观察。

=== 蛋白质组学 ===
{{main|蛋白质组学}}
在一定时间内一个细胞或一类细胞中存在的所有蛋白质被称为[[蛋白质组]]，研究如此大规模的数据的领域就被称为[[蛋白质组学]]，与[[基因组学]]的命名方式相似。蛋白质组学中关键的实验技术包括用于检测细胞中大量种类蛋白质相对水平的[[蛋白质微阵列]]技术，和用于系统性研究[[蛋白-蛋白相互作用]]的[[双杂交筛选]]技术。此外，还有探究所有组分之间的可能的生物学相互作用的[[相互作用组]]学，以及系统性地解析蛋白质结构，并揭示其中的可能的折叠类型的[[结构基因组学]]。

=== 生物信息学 ===
{{main|生物信息学}}
大量的计算方法已经被开发用于分析蛋白质的结构，功能，和进化。

目前各类数据库中含有许多种类的生物体的大量的基因组和蛋白质组数据，包括[[人类基因组]]的数据；要对这些数据进行分析已获得有用的信息，就需要用到近来来发展起来的新兴学科──[[生物信息学]]。生物信息学的发展使得现在研究者可以通过[[序列比对]]有效地鉴定相关生物体的[[同源]]蛋白质。利用{{le|序列信息推导工具|sequence profiling tool}}可以对更特异地对序列进行分析，如[[限制酶]]图谱、针对核酸序列的[[开放阅读框架]]分析以及[[二级结构]]预测。利用如ClustalW的特定软件，可以从序列信息中可以构造出[[系统树]]，并进行进化分析。生物信息学的研究领域包括集合、注释和分析基因组和蛋白质组数据，这就需要应用[[计算机科学|计算技术]]于生物学问题，如[[基因识别]]和[[支序分類學|支序分類]]。生物信息学领域现在是基因和蛋白质的分析必不可少的。

=== 结构预测与模拟 ===
{{see also|蛋白质结构预测|分子动力学}}
作为结构基因组研究的互补，[[蛋白质结构预测]]的目标是发展出有效的能够提供未知结构（未通过实验方法得到）蛋白质的可信的结构模型。目前最为成功的结构预测方法是[[同源建模]]；这一方法是利用序列相似的蛋白质（已知结构）的结构作为“模板”。而结构基因组的目标正是通过解析大量蛋白质的结构来为同源建模提供足够的模板以获得剩余的未解析的同源蛋白结构。从序列相似性较差的模板计算出精确的结构模型对于同源建模法还是一个挑战，问题在于序列比对准确性的影响，如果能够获得“完美”的比对结果，则能够获得精确的结构模型。<ref name="Zhang">{{en}}Zhang Y, Skolnick J. (2005). The protein structure prediction problem could be solved using the current PDB library. ''Proc Natl Acad Sci USA'' 102(4):1029-34.</ref>许多结构预测方法已经被用于在[[蛋白质工程]]领域，在这些方法的帮助下，研究者们设计出一些新型的蛋白质折叠类型。<ref name="Kuhlman">{{en}}Kuhlman B, Dantas G, Ireton GC, Varani G, Stoddard BL, Baker D. (2003). Design of a novel globular protein fold with atomic-level accuracy. ''Science'' 302(5649):1364-8.</ref>更为复杂的结构计算是预测蛋白质分子之间的相互作用，需要应用{{le|分子对接法|Docking (molecular)}}和{{le|蛋白-蛋白相互作用预测|Protein–protein interaction prediction}}。

利用[[分子动力学]]的方法可以模拟蛋白质的折叠和结合过程。通过[[分布式计算]]，如[[Folding@Home]]计划，为分子动力学模拟注入了活力。小的α螺旋蛋白结构域，如{{le|绒毛蛋白|Villin}}的头部<ref name="Zagrovic">{{en}}Zagrovic B, Snow CD, Shirts MR, Pande VS. (2002). Simulation of folding of a small alpha-helical protein in atomistic detail using worldwide-distributed computing. ''J Mol Biol'' 323(5):927-37.</ref>和[[HIV]]辅助蛋白<ref name="Herges">{{en}}Herges T, Wenzel W. (2005). In silico folding of a three helix protein and characterization of its free-energy landscape in an all-atom force field. ''Phys Rev Let'' 94(1):018101.</ref>已经成功地在计算机中（''in silico''）被模拟。将标准的分子动力学和[[量子力学]]计算相结合的混合方法已经被用于探索[[视紫红质]]分子的电子态。<ref name="Hoffmann">{{en}}Hoffmann M, Wanko M, Strodel P, Konig PH, Frauenheim T, Schulten K, Thiel W, Tajkhorshid E, Elstner M. (2006). Color tuning in rhodopsins: the mechanism for the spectral shift between bacteriorhodopsin and sensory rhodopsin II. ''J Am Chem Soc'' 128(33):10808-18. </ref>

== 营养作用 ==
大多数[[微生物]]和植物能够合成所有20种标准氨基酸；动物则由于缺乏某些氨基酸合成途径中特定氨基酸合成反应所需的关键酶，如从[[天冬氨酸]]生成[[赖氨酸]]、[[甲硫氨酸]]和[[苏氨酸]]的合成反应第一步中发挥催化作用的[[天冬氨酸激酶]]，而只能合成部分氨基酸。因此，动物必须从食物中获取这些自身无法合成的氨基酸。<ref name="Voet" />一个生物体所无法合成而需从食物中获取的氨基酸被称为[[必需氨基酸]]。如果环境中存在所需氨基酸，微生物能够直接摄取这些氨基酸，而下调其自身的合成水平，从而节省了原来需要用于合成反应的能量。

动物所摄取的氨基酸来源于食物中所含的蛋白质，每公克蛋白質可供給4大卡熱量。摄入的蛋白质通过[[消化作用]]而被降解，这一过程通常包括蛋白质在[[消化系统]]的酸性环境下发生[[变性 (生物化学)|变性]]，变性后的蛋白质被[[蛋白酶]][[水解]]成氨基酸或小段的肽。随后这些降解片段就可以被吸收。部分吸收后的氨基酸被用于蛋白质的合成，其余的则通过[[糖异生]]作用被转化为[[葡萄糖]]或进入[[三羧酸循环]]进行代谢。蛋白质的营养作用在饥饿环境下显得特别重要，此时机体可以利用自身的蛋白质，特别是肌肉中的蛋白质，来产生能量以维持生命活动。<ref>{{en}}{{cite journal en|author=Brosnan J |title=Interorgan amino acid transport and its regulation |url=http://jn.nutrition.org/cgi/content/full/133/6/2068S |journal=J Nutr |volume=133 |issue=6 Suppl 1 |pages=2068S-72S |year=2003 |pmid=12771367}}</ref>蛋白质/氨基酸也是食物中重要的[[氮]]源.

蛋白質進入口腔時無法被分解，進而到胃。胃蛋白酶可斷裂芳香族氨基酸或亮氨酸氨基端肽鍵，凝乳酶可將牛奶中的酪蛋白（Casein）催化成含鈣的副乾酪素（Ca paracaseinate）。
到了小腸，胰蛋白酶、糜蛋白酶、羧基肽酶開始作用;胰蛋白酶可斷裂赖氨酸或精氨酸的羧基端肽鍵，糜蛋白酶可斷裂色氨酸、酪氨酸、苯丙氨酸的羧基端肽鍵，羧基肽酶可斷裂肽鏈羧基端的最後一個肽鍵。
人體所需蛋白質在許多食物中都含量豐富，如動物肌肉、[[乳製品]]、[[蛋]]、豆類、穀類和蕈類等。人體中蛋白質缺乏可以導致全身浮腫、皮膚乾燥病變、頭髮稀疏脫色、肌肉重量減輕、免疫力下降等。<ref>{{zh}}{{cite web|url=http://www.msdchina.com.cn/manual/section_1/1-2/3.html|title=默克诊疗手册，第一章，第二节：蛋白质-能量营养不良|accessdate=2008年3月11日}}</ref>

食物中的蛋白质有时会引起[[过敏反应]]。

== 历史和词源 ==
{{further|分子生物学史}}
在18世纪，{{le|安东尼奥·弗朗索瓦|Antoine François, comte de Fourcroy}}和其他一些研究者发现蛋白质是一类独特的生物分子，他们发现用酸处理一些分子能够使其[[凝结]]或[[絮凝]]。当时他们注意到的例子有来自[[蛋清]]、[[血液]]、[[血清白蛋白]]、[[纤维素]]和[[小麦]][[面筋]]裡的蛋白质。荷兰化学家{{link-en|格哈杜斯·约翰内斯·穆德|Gerhardus Johannes Mulder}}对一般的蛋白质进行[[元素分析]]发现几乎所有的蛋白质都有相同的[[实验式]]。用“蛋白质”这一名词来描述这类分子是由穆德的合作者[[永斯·贝采利乌斯]]于1838年提出。穆德随后鉴定出蛋白质的降解产物，并发现其中含有为氨基酸的亮氨酸，并且得到它（非常接近正确值）的分子量为131[[原子质量单位]]。

对于早期的生物化学家来说，研究蛋白质的困难在于难以纯化大量的蛋白质以用于研究。因此，早期的研究工作集中于能够容易地纯化的蛋白质，如血液、蛋清、各种[[毒素]]中的蛋白质以及消化性和代谢酶（获取自[[屠宰场]]）。1950年代后期，Armour Hot Dog公司纯化了一公斤纯的牛胰腺中的{{le|核糖核酸酶A|Ribonuclease A}}，并免费提供给全世界科学家使用。目前，科学家可以从生物公司购买越来越多的各类纯蛋白质。
[[File:KendrewMyoglobin.jpg|thumb|约翰·肯德鲁与在进展中的肌红蛋白模型。]]
著名化学家[[萊納斯·鮑林]]成功地预测了基于氢键的规则蛋白质二级结构，而这一构想最早是由[[威廉·阿斯特伯里]]于1933年提出。随后，{{le|沃尔特·考兹曼|Walter Kauzmann}}在总结自己对[[变性 (生物化学)|变性]]的研究成果和之前{{link-en|凯伊·林诺斯特伦·郎|Kaj Linderstrom-Lang}}的研究工作的基础上，提出了[[蛋白质折叠]]是由[[疏水性|疏水相互作用]]所介导的。1949年，[[弗雷德里克·桑格]]首次正确地测定了胰岛素的氨基酸序列，并验证了蛋白质是由氨基酸所形成的线性（不具有分叉或其他形式）多聚体。原子分辨率的蛋白质结构首先在1960年代通过X射线晶体学获得解析；到了1980年代，[[核磁共振]]也被应用于蛋白质结构的解析；近年来，{{le|冷冻电子显微|Cryo-electron microscopy}}学被广泛用于对于超大分子复合体的结构进行解析。

蛋白质这一概念最早是由瑞典化学家[[永斯·贝采利乌斯]]于1838年提出，但当时人们对于蛋白质在机体中的核心作用并不了解。1926年，[[詹姆斯·B·萨姆纳]]揭示[[尿素酶]]是蛋白质，首次证明了酶是蛋白质。<ref>{{en}}{{cite journal en|author=Sumner, JB |title=The Isolation and Crystallization of the Enzyme Urease. Preliminary Paper |url=http://www.jbc.org/cgi/reprint/69/2/435.pdf?ijkey=028d5e540dab50accbf86e01be08db51ef49008f |journal=J Biol Chem |volume=69  |issue=  |pages=435-441 |year=1926}}</ref>第一个被{{le|蛋白质测序|Protein sequencing|测序}}的蛋白质是[[胰岛素]]，由[[弗雷德里克·桑格]]完成，他也因此获得1958年度的[[诺贝尔化学奖]]。<ref>{{en}}{{cite web | title = The Nobel Prize in Chemistry 1958 | publisher = Nobelprize.org | url = http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1958/index.html|accessdate=2008-10-06}}</ref>首先被解析的蛋白质结构包括[[血红蛋白]]和[[肌红蛋白]]的结构，所用方法为[[X射线晶体学]]；<ref>{{en}}{{cite journal en|author=Muirhead H, Perutz M |title=Structure of hemoglobin. A three-dimensional fourier synthesis of reduced human hemoglobin at 5.5 A resolution |journal=Nature |volume=199 |issue=4894 |pages=633-638 |year=1963 |pmid=14074546}}</ref><ref>{{en}}{{cite journal en|author=Kendrew J, Bodo G, Dintzis H, Parrish R, Wyckoff H, Phillips D |title=A three-dimensional model of the myoglobin molecule obtained by x-ray analysis |journal=Nature |volume=181 |issue=4610 |pages=662-666 |year=1958 |pmid=13517261}}</ref>该工作由[[马克斯·佩鲁茨]]和[[约翰·肯德鲁]]于1958年分别完成，他们也因此获得1962年度的[[诺贝尔化学奖]]。<ref>{{en}}{{cite web | title = The Nobel Prize in Chemistry 1962 | publisher = Nobelprize.org | url = http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1962/index.html|accessdate=2015-02-20}}</ref>

截至到2014年，[[蛋白质数据库]]中已存有接近90,000个原子分辨率的蛋白质及其相关复合物的三维结构的坐标。<ref name="urlRCSB Protein Data Bank">{{en}}{{cite web |url=http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do |title=RCSB Protein Data Bank|accessdate=2014-04-05}}</ref>

== 外部链接 ==
* [http://www.rcsb.org 蛋白质数据库]
* [http://www.expasy.uniprot.org UniProt上的蛋白质资源]
* [http://www.proteinatlas.org 人类蛋白质图集]
* [http://www.ihop-net.org/UniPub/iHOP/  有关于蛋白质的超链接信息]
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Protein 美国国家生物技术信息中心中Entrez上的蛋白质数据库]
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Structure 美国国家生物技术信息中心的蛋白质结构数据库]
* [http://www.hprd.org/ 人类蛋白质参考数据库]
* [http://www.humanproteinpedia.org/ 人类蛋白质百科]
* [http://folding.stanford.edu/ 斯坦福大学的Folding@Home]
* [http://www.biochemweb.org/proteins.shtml 蛋白质：生物合成降解-生物化学和细胞生物学的虚拟图书馆]
* [http://web.indstate.edu/thcme/mwking/amino-acid-metabolism.html 氨基酸的代谢]

== WIKI自述 ==

本词条资料来源包括

* [http://www.wikipedia.org 维基百科]
* 营养与食品卫生学（第七版 主编：孙长颢）