食品中存活的细菌只是自然界细菌中的一部分，在食品卫生学中被称作食品细菌，其中绝大多数是非致病菌，他们往往与食品出现特意颜色、气味、荧光、磷光以及相对致病性有关，是评价食品卫生质量的重要指标， 也是研究食品腐败变质原因、过程和控制方法的主要对象。
常见的食品细菌
- 假单胞菌属（Pseudomonas）革兰氏阴性无芽胞杆菌，需氧、嗜冷，兼或嗜盐，多具有分解蛋白质、碳水化合物和脂肪的能力，是重要的食品腐败性细菌。广泛分布于食品中，特别是蔬菜、肉、家畜和海产品中，并可引起腐败变质，是导致新鲜的冷冻食物腐败的重要细菌。
- 黄单胞杆菌属（Xanthomonas）与假单胞菌的特点非常相似。为植物致病菌，是引起水果蔬菜腐败的常见菌。
- 微球菌属（Micrococcus）和葡萄球菌属（Staphylococcus）均为革兰阳性，过氧化氢酶阳性球菌（触酶试验），嗜中温，前者需氧，后者艳阳。它们因营养要求较低而成为食品中极为常见的菌属，可分解食品中的糖类并产生色素。
- 芽孢杆菌属（Bacillus）和梭状芽胞杆菌属（Clostridium）为革兰阳性菌，前者需氧或兼性厌氧，后者厌氧，均属于嗜温菌，兼或有嗜热菌。是肉类及罐头食品中常见的腐败菌。